Flygplatsen, som officiellt är uppkallad efter Nikos Kazantzakis, är den största på Kreta. Under sommarsäsongen hanterar den ett stort antal charterflyg; under resten av året trafikeras den främst av flyg från Aten och andra grekiska städer.

Vid första anblicken ser Heraklions flygplats ganska gammaldags ut och dess anläggningar är inte längre riktigt anpassade för modern verksamhet.

År 2017 fattades ett slutgiltigt beslut om att bygga en ny, modern flygplats; färdigställandedatumet har skjutits upp flera gånger och man räknar för närvarande med att den ska öppnas vid årsskiftet 2026–2027.

För resor till västra Kreta är Chania flygplats ett bra alternativ.

Från april till oktober betjänar flygplatsen många flygbolag från hela Europa, med både reguljära flyg och charterflyg till alla hörn av kontinenten.

Det mest omfattande ruttnätverket från Heraklion drivs av följande flygbolag:

• Aegean Airlines: förbindelser året runt flera gånger om dagen till Aten samt säsongsbundna direktflyg under sommaren till hela Europa
• Sky Express: året runt-förbindelser till Aten, Thessaloniki och andra grekiska öar samt säsongsbetonade direktflyg till hela Europa under sommaren
• Jet2.com: de tätaste avgångarna till många brittiska städer
• Eurowings: flyg till många tyska städer
• Volotea: direktflyg till Aten, Italien och Frankrike
• TUI: omfattande förbindelser till Storbritannien, Nederländerna, Belgien och Tyskland
• easyJet: flyg till flera brittiska städer, Frankrike och Schweiz
• Wizz Air: regelbundna flygningar till Östeuropa
• Ryanair: ett relativt begränsat antal flyg jämfört med andra, t.ex. till Bergamo, Wien, Berlin eller Bryssel